其机制为抗磷脂抗体促使血管内膜增生及小动脉血栓形成。

血栓形成出现神经系统症状的系统性红斑狼疮病人以糖皮质类固醇治疗通常无效，小剂量抗血小板聚集药物可能有一定的预防作用。

狼疮性头痛是系统性红斑狼疮非常多见的神经精神症状，约占系统性红斑狼疮病人的16%～19%，有时头痛非常剧烈，头痛的原因较多，有血管炎性的、高血压性的、单纯偏头痛或肌肉紧张性头痛。

脑病综合症，系统性红斑狼疮对脑部的损害是多方面的，可出现多种质性脑病表现，如认知功能障碍、情感异常、人格异常、痴呆等。其发生率约在3%～30%之间;急性脑病综合症，往往是系统性红斑狼疮的表现，有时仅仅是系统性红斑狼疮的唯一表现。

神经精神性狼疮的表现是多方面的，可累及中枢神经和周围神经系统。在临床上可出现脑功能不良、精神异常、肢体瘫痪、麻木、疼痛、行走不稳、抽搐、头痛、视力障碍、面瘫、肌肉萎缩等症。在疾病诊断方面中枢的可有慢性认知功能不良、急性狼疮性脑炎、脑血管意外(中风)、脊髓炎、运动障碍(舞蹈-投掷症、震颤麻痹综合症，共济失调)、癫痫、假性脑瘤、无菌性脑膜炎、头痛等。在周围神经的可有急性或慢性多发性脱髓鞘性神经根神经病(格林-巴利综合症)、末梢性多发性神经病或多数性单神经病，其他或可累及肌肉系统，而发生重症肌无力。